Fonction publique : de nouvelles règles pour les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique

Le décret du 29 juillet 2026 modifie, pour les fonctionnaires et les agents contractuels, différentes règles relatives notamment :

• aux arrêts de travail pour raison de santé ;
• au temps partiel pour raison thérapeutique ;
• aux congés de longue maladie ;
• aux congés de grave maladie.

Il s’agit d’une transposition de différentes règles applicables aux salariés du secteur privé à la suite de la promulgation de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.

Les évolutions de la procédure de temps partiel thérapeutique pour les agents publics

Vous pouvez être autorisé à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique si vous vous trouvez dans l'une des situations suivantes :

• le travail à temps partiel permet votre maintien ou votre retour à l'emploi, et est reconnu comme pouvant favoriser l'amélioration de votre état de santé ;
• le travail à temps partiel vous permet de bénéficier d'une rééducation ou d'une réadaptation professionnelle, pour retrouver un emploi compatible avec votre état de santé.

La procédure pour bénéficier d’un temps partiel pour raison thérapeutique a évolué le 1^er août pour les agents publics.

• Jusqu’alors, l’autorisation de bénéficier d’un temps partiel thérapeutique prenait effet à la date de la réception de la demande par l’administration employeur.
  Depuis le 1^er août, l’administration employeur dispose d’un délai de 30 jours maximum à compter de la date de réception de la demande pour accepter ou refuser celle-ci. En revanche, en cas de demande de temps partiel thérapeutique à l’issue d’un congé de longue maladie, d’un congé de longue durée, d’un congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) ou après une disponibilité pour raison de santé, la décision de l’administration doit intervenir au plus tard le jour de la reprise du travail (il en va de même en cas de demande de renouvellement d’une autorisation de temps partiel thérapeutique).

• Le décret du 29 juillet 2026 précise que tout refus par l’employeur d’une demande initiale ou d’un renouvellement d'autorisation de temps partiel thérapeutique (ou l'interruption de cette autorisation à l'initiative de l'administration employeur) doit être motivé.

• Avant le 1^er août, l’autorisation de temps partiel thérapeutique était renouvelée par période d’un à trois mois, dans la limite d’une année au total.
  L’autorisation de bénéficier d’un temps partiel thérapeutique reste accordée dans la limite d’une année, mais désormais sans périodicité obligatoire d’un à trois mois (donc sans l’obligation de renouvellements intermédiaires de cette autorisation).

La nouvelle procédure relative aux arrêts de travail pour raison de santé

Le décret du 29 juillet 2026 transpose à la fonction publique plusieurs mesures relatives aux arrêts de travail pour raison de santé, qui ont été récemment instaurées pour les salariés du secteur privé ou qui sont sur le point de l’être. Ces différentes dispositions s’appliqueront aux agents publics à partir du 1^er septembre 2026.

• À compter de cette date, les avis d’arrêts de travail au format papier devront être établis au moyen d’un formulaire Cerfa sécurisé. Ce dernier permet notamment de lutter contre la vente de faux arrêts de travail. L’utilisation de ce formulaire sécurisé est obligatoire pour les salariés du secteur privé depuis le 1er septembre 2025.

• La durée d’un arrêt maladie ne pourra plus dépasser 31 jours pour la première prescription, et chaque prolongation d’arrêt ne pourra plus être supérieure à 62 jours. Des dérogations seront possibles pour le prescripteur (médecin traitant, sage-femme, etc.), au vu de la situation médicale de l’agent public et des éventuelles recommandations de la Haute Autorité de santé. Ce plafonnement de la durée des arrêts de travail s’appliquera également à compter du 1er septembre 2026 aux salariés du secteur privé.
  Par ailleurs, en cas de prolongation de l’avis initial d’arrêt de travail, la rémunération sera maintenue uniquement si l’arrêt est prolongé par le prescripteur de l’arrêt initial (sauf dans certains cas prévus par les articles L.162-4-4 et R.162-1-9-1 du Code de la sécurité sociale).

• Les agents publics pourront commencer ou poursuivre une formation ou un bilan de compétence, durant un congé pour raison de santé (congé de maladie ordinaire, congé de longue maladie, etc.) ; ils devront avoir obtenu, pour ce faire, un avis favorable d’un médecin agréé.

• L’employeur pourra faire procéder au contrôle administratif d’un fonctionnaire placé en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée. Ce contrôle pourra porter sur la présence de l’agent à son domicile (ou sur son lieu de repos) lorsque la prescription médicale sera assortie d’une obligation de présence de ce type. Le versement de la rémunération de l’agent sera interrompu, jusqu’à la date de fin de cet arrêt de travail pour raison de santé, en cas de refus du contrôle ou d’absence injustifiée.

• Les agents publics en attente de l’attribution d’un congé de longue maladie ou de longue durée, et qui sont en fin de droits pour leur congé de maladie ordinaire, auront droit à une indemnité d’attente. Ils percevront celle-ci jusqu'à la date de la décision de reprise de service ou de placement en congé de longue maladie ou de longue durée. Cette disposition concerne uniquement la fonction publique de l'État.

En outre, depuis le 1^er août, les médecins agréés peuvent recourir à la télémédecine pour les examens médicaux des agents publics en congé de maladie ordinaire, en congé de longue maladie ou en congé de longue durée. Cet examen doit respecter les règles de télémédecine prévues par le Code de la santé publique. Un médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste figurant sur une liste établie, dans chaque département, par le préfet sur proposition de l’Agence régionale de santé. Il a notamment pour rôle d'effectuer les contre-visites et les expertises médicales.